También figura como experto especial en el sínodo el Padre Eleazar López Hernández, un teólogo de la liberación mexicano considerado como la «partera» de la teología india.
La Congregación para la Doctrina de la Fe le ha llamado la atención a López Hernández, con frecuencia, sobre sus escritos, y el cardenal Joseph Ratzinger comentó en 1996, refiriéndose a López, que esa teología era regresiva y deseaba «dejar a un lado el cristianismo … como si el Evangelio fuera opresivo.»
En 2012, el Padre López escribió que tales teologías indígenas «no emplean un lenguaje discursivo o filosófico, sino uno mítico-simbólico» y que «toda la teología de la Iglesia debería ser así porque Dios no puede ser objetivado como lo que es objeto del conocimiento y de la ciencia».
Otro nombramiento controvertido, aunque no inesperado ya que ha sido una figura clave detrás del sínodo y su preparación, es el padre Paulo Suess.
En una entrevista de 2014, el experto alemán de 81 años en teología de inculturación de los pueblos indígenas de la Amazonía dijo que «podemos descubrir la revelación de Dios entre estos pueblos indígenas», una posición que también apareció en el documento de trabajo, y eso fue muy criticado. Miembro del grupo `Amerindia´ que defiende y promueve la teología de la liberación, el Padre Suess ha trabajado durante muchos años en Brasil con el obispo Erwin Kräutler, emérito de Xingu, Brasil, también una figura clave tras del sínodo y participante.
A pesar de que el sínodo amazónico aparentemente está relacionado con la evangelización, la conversión de los pueblos indígenas a la fe no parece ser una prioridad en la agenda de ninguno de los miembros de la Iglesia.
En 2014, el padre Suess dijo que, en lugar de la evangelización, el «principio de la vida era lo más importante» para los pueblos indígenas y para eso «necesitan tierra y deben fortalecerse en su identidad».
El obispo Kräutler, miembro del Consejo sinodal y uno de los principales autores del muy criticado documento de trabajo del sínodo, una vez se jactó de nunca haber «bautizado a una persona indígena» y de que no «tenía la intención de hacerlo».
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